P. Karl kündigt Anfang 1999 an, sich von der Hausleitung zurückzuziehen. In mehreren Klausurtreffen und Supervisionen des Ständigenkreises kristallisiert sich die Form einer Teamleitung heraus. Als Vertreter der drei Hauptbereiche Bildung/Spiritualität, Gemeinschaft und Wirtschaft werden Otto Feldbaumer, Colette Brun und Gerhard Grinschgl als neues Leitungsteam gewählt. Horst Schneider als Vereinsvorstand ergänzt dieses Team, in dem Otto Feldbaumer die Funktion des Hausvorstehers übernimmt. Im Jahr 2002 übernimmt Colette Brun mit Hans Waltersdorfer als Stellvertreter die Hausleitung. Zugleich wird das Team der Bereichsverantwortlichen auf neun Personen ausgeweitet.

Gleichsam als Bestätigung dieses gemeinschaftlichen Weges wird bei einer großen INFAG-Tagung aller franziskanischen Ordensleitungen in Österreich im Oktober 1999 das Haus der Stille als franziskanisch geprägte Gemeinschaft ohne Rechtsstatus in die große und bunte Franziskanische Familie Österreichs aufgenommen. Das Selbstverständnis der Gemeinschaft wir im Jahr 2002 in einem Leitbild verschriftlicht.

Das Haus Emmaus wird unter der Leitung von P. Karl und Sr. Marianne Jungbluth zum „Franziskanischen Rasthaus“ mit begleiteten Auszeiten für Priester und Ordensleute umgestaltet. Insgesamt vier Gruppen werden in den Jahren 2000 und 2001 für jeweils vier Monate begleitet, dann endet das Experiment mangels Nachfrage.

Im Jahr 2000 geht das Haus der Stille mit einer ersten Homepage online.

Die Franziskuskapelle wird durch die Schaffung eines neuen Ambos („Tisch des Wortes“) umgestaltet.

Ingrid Fruhmann kommt zur Verstärkung des Küchenteams. Ab 2017 wird sie die Küchenleitung übernehmen.

Eine Studienreise im Mai 2002 wird zum Auslöser für unser Sozialprojekt Rumänien, eine langjährige Partnerschaft mit dem Kinderhilfswerk des Franziskaners P. Csaba Böjte.

Nicht zuletzt aufgrund der finanziellen Situation im Frühsommer 2003 legt Horst Schneider den Vorsitz im Verein zurück. Bei der Generalversammlung wird P. Karl als neuer Vorsitzender gewählt.